Las Cuentas de los Ecosistemas se desarrollan bajo el marco del SCAE y las reglas del Sistema de Cuentas Nacionales (SCN), integrando la información de la naturaleza con las mediciones de producción, consumo y riqueza del país. Mediante un enfoque geográfico y un trabajo interinstitucional, esta herramienta mide en unidades físicas y monetarias la extensión y condición de los ecosistemas, así como los servicios esenciales que proveen (como agua, alimentos, materiales y regulación climática).

De este modo, se convierte en un instrumento clave para la planificación sectorial, el ordenamiento territorial y el diseño de políticas de conservación, permitiendo a largo plazo medir el valor del capital natural de Colombia e integrarlo a la economía nacional.